本院於1985年重建,為秉持及感念馬雅各醫生父子醫療傳道和使命服務病人的精神,於1998年4月17日成立安寧病房,命名為「馬雅各紀念病房」,為台南市最早設有安寧病房的醫院。2005年6月為讓病人有更舒適的住院環境,秉持讓安寧病人得到更好的福祉的理念,更將原來三人床的健保床改為二人床,不另收病房差額,以服務南部地區更多需要安寧緩和療護的末期病人。